Optické mikroskopy používajú viditeľné svetlo na prezeranie vzoriek. Kvôli veľmi malej veľkosti vírusov je na ich pozorovanie zvyčajne potrebný mikroskop s väčším zväčšením. Keďže však veľkosť vírusov je blízka alebo dokonca menšia ako vlnová dĺžka viditeľného svetla, obmedzuje to rozlíšenie priameho pozorovania vírusov pomocou optickej mikroskopie. Na podrobnejšie zobrazenie vírusov je preto často potrebný elektrónový mikroskop.
Elektrónové mikroskopy používajú elektrónové lúče namiesto svetelných lúčov a môžu dosiahnuť vyššie rozlíšenie ako optické mikroskopy. Elektrónová mikroskopia môže poskytnúť vyššiu úroveň zväčšenia a rozlíšenia vírusových detailov, čo vedcom umožňuje podrobnejšie študovať štruktúru a vlastnosti vírusov.
Veľkosť zväčšenia potrebného na zobrazenie vírusu závisí od veľkosti vírusu a požadovanej úrovne detailov. Pretože vírusy sú často v rozsahu nanometrov, na ich pozorovanie sú často potrebné mikroskopy s väčším zväčšením.
Svetelné mikroskopy zvyčajne poskytujú zväčšenia 1000x až 2000x. Toto zväčšenie stačí na pozorovanie niektorých väčších vírusov, napríklad veľkých DNA vírusov.
Pre menšie vírusy alebo tam, kde sú potrebné detaily s vyšším rozlíšením, sa však používa elektrónový mikroskop. Elektrónové mikroskopy môžu poskytnúť väčšie zväčšenie, často dosahujúce 100,000-krát alebo viac. Toto veľké zväčšenie môže poskytnúť podrobnejší pohľad na štruktúru a vlastnosti vírusu.
Je dôležité poznamenať, že zväčšenie nie je jediným faktorom, ktorý ovplyvňuje pozorovanie vírusov. Dôležitým faktorom je aj rozlíšenie, ktoré určuje veľkosť najmenšieho detailu, ktorý mikroskop dokáže rozlíšiť. Pre menšie vírusy je potrebný mikroskop s vyšším rozlíšením na zachytenie jemnejších detailov.