Zväčšenie biologického mikroskopu je zvyčajne nízke, pohybuje sa od 40x do 1000x. Je to preto, že biologické vzorky sú zvyčajne priehľadné a vyžadujú mierne zväčšenie na pozorovanie štruktúr buniek a tkanív.
V biologickom mikroskope je zväčšenie určené kombináciou šošovky objektívu a okuláru. Bežné zväčšenia šošovky objektívu zahŕňajú 4x, 10x, 40x a 100x, zatiaľ čo okulár má zvyčajne zväčšenie 10x. Preto je maximálne zväčšenie typického biologického mikroskopu 100x objektív vynásobený 10x okulárom, čo sa rovná 1000x.
Je dôležité poznamenať, že zväčšenie biologického mikroskopu nie je také veľké ako zväčšenie elektrónového mikroskopu, pretože biologické vzorky majú často zložitú štruktúru a proces pozorovania si vyžaduje zachovanie životaschopnosti a integrity vzoriek. Okrem toho je rozhodujúce aj rozlíšenie biologického mikroskopu, pretože biologické štruktúry sú často veľmi malé a vyžadujú vysoké rozlíšenie na pozorovanie jemných detailov.
V určitých špecializovaných aplikáciách, ktoré vyžadujú väčšie zväčšenie, ako je patologický výskum alebo mikrochirurgia, možno použiť okulár s vyšším zväčšením (napr. 16x alebo viac) v kombinácii s vhodnými okulármi na dosiahnutie vyššieho zväčšenia. Tieto pozorovania s vysokým zväčšením si však zvyčajne vyžadujú zložitejšiu prípravu vzoriek a mikroskopické techniky a vyžadujú od operátora väčšiu zručnosť.