Mikroskop je jedným z najväčších vynálezov ľudstva. Pred jeho vynálezom sa ľudské predstavy o svete okolo nich obmedzovali na používanie voľným okom alebo držanie šošoviek na pomoc pri videní voľným okom.
Mikroskopy otvorili úplne nový svet v ľudskom videní a po prvýkrát videli vnútorné fungovanie stoviek „nových“ drobných zvierat a rastlín, od ľudských tiel až po rastlinné vlákna. Mikroskopia tiež pomáha vedcom objavovať nové druhy a pomáha lekárom liečiť choroby.
Prvé mikroskopy boli vyrobené v Holandsku koncom 16. storočia. Vynálezcami boli Yas Jensen, holandský optik alebo ďalší holandský vedec Hans Lipsch, ktorý vyrobil jednoduché mikroskopy s dvoma šošovkami, ale s týmito prístrojmi nerobil žiadne dôležité pozorovania.
Dvaja ľudia neskôr začali používať mikroskopy vo vede. Prvým bol taliansky vedec Galileo Galilei. Prvýkrát opísal hmyz mikroskopom po jeho zložených očiach. Druhým bol holandský obchodník s plátnom Leeuwenhoek (1632-1723), ktorý sa sám naučil brúsiť šošovky. Prvýkrát opísal veľa drobných rastlín a živočíchov neviditeľných voľným okom.
V roku 1931 Ernst Ruska spôsobil revolúciu v biológii vývojom elektrónového mikroskopu. To umožňuje vedcom pozorovať predmety malé ako milióntiny milimetra. V roku 1986 mu bola udelená Nobelova cena.